En 2005, une large concertation des acteurs du bassin de la Loire est organisée sur la base d'un document d'orientation stratrégique. La consultation a conforté la nécessité d'approfondir et de poursuivre la concertation engagée entre le Préfet coordonnateur du bassin et les acteurs. Une conférence des acteurs se tient à l'échelle du bassin pour prendre en compte les expressions de besoins. Des précisions et des compléments sont apportés aux modalités de gouvernance et aux principes d'organisation du plan Loire III. Il s'articule autour de 4 enjeux prioritaires :

• vivre durablement dans les vallées inondables de la Loire et de ses principaux affluents ;
• préserver et restaurer le bien commun que sont la ressource en eau, les espaces naturels et les espèces patrimoniales ;
• mettre en valeur le patrimoine naturel, culturel, touristique et paysager de la Loire et de ses principaux affluents pour un développement durable ;
• développer et partager une connaissance globale, fondamentale et opérationnelle du fleuve.

La mise en oeuvre de ce plan repose sur un contrat de projet inter-régional (CPIER) signé entre l’État, l'agence de l'eau Loire-Bretagne, l’Établissement public Loire et les Conseils régionaux du bassin de la Loire (Auvergne, Basse-Normandie, Bourgogne, Centre-Val de Loire, Languedoc-Roussillon, Limousin, Pays de la Loire, Poitou-Charentes, Rhône-Alpes), ainsi que sur un programme opérationnel FEDER doté de 33,8 M€.

En 2013, forts du succès de la mise en oeuvre des trois premiers Plan Loire Grandeur Nature, les acteurs du bassin de la Loire décident de doter le Plan d'une nouvelle ambition en adoptant la stratégie Loire 2035.